Tuy thế, khi ăn thịt ba ba phải lưu ý là chỉ ăn thịt những con còn sống, khỏe mạnh. Ba ba chết hoặc đã ươn thì nguy cơ gây ngộ độc rất lớn. Sở dĩ như vậy vì ba ba ăn xác động vật và các thức ăn thối rữa nên trong ruột có nhiều vi khuẩn gây bệnh sản sinh độc tố. Khi ba ba còn sống, vi khuẩn và độc tố của chúng bị đào thải ra ngoài theo đường tiêu hóa. Khi ba ba chết, vi khuẩn và độc tố trong ruột ba ba nảy nở rất mạnh và xâm nhập vào thịt ba ba.

Thời gian chết của ba ba càng lâu, vi khuẩn và độc tố của chúng xâm nhập thịt càng nhiều, nếu chúng ta ăn phải loại thịt này sẽ bị ngộ độc. Đặc biệt, trong thịt ba ba chết có histamin là chất độc sản sinh do sự phân hủy chất đạm bởi vi khuẩn trong quá trình ba ba chết. Đây là chất độc chịu được nhiệt độ cao nên dù thịt ba ba được đun nấu chín thì nguy cơ ngộ độc vẫn cao. Giá của ba ba không hề rẻ nên dù chết hay ươn thì nhiều nhà hàng, quán nhậu vẫn đưa vào chế biến mà thực khách thì không thể nào phân biệt được.